Secara geografis Desa Ngendut terletak pada posisi -7.967522 Lintang Selatan dan 111°386727' Bujur Timur. Topografi ketinggian desa ini adalah berupa daratan sedang yaitu sekitar 143.85m di atas permukaan air laut. Berdasarkan data BPS kabupaten Ponorogo tahun 2017, selama tahun 2017 curah hujan di Desa Ngendut. rata-rata mencapai 2.400 mm. Curah hujan terbanyak terjadi pada bulan Desember hingga mencapai  405,04  mm yang  merupaka  curah  hujan  tertinggi  selama  kurun  waktu  2017 - 2018

Secara administratif, Desa Ngendut terletak di wilayah Kecamatan Balong Kabupaten Ponorogo dengan posisi dibatasi oleh wilayah desa-desa tetangga. Di sebelah Utara berbatasan dengan Karangpatihan dan Sumberjo Kecamatan Balong  , Di sebelah Barat berbatasan dengan Desa Patok Pacitan  Di Sebelah Selatan berbatasan dengan Desa Pandak dan Desa Bulak Kecamatan Balong, sedangkan di Sebelah  timur berbatasan dengan Desa Bulak Kecamatan Balong.

Jarak tempuh Desa Ngendut  ke ibu kota kecamatan adalah 7,5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 0,15 Jam  Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 22,5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 0,35 jam.   

Desa Ngendut terletak di sebelah Selatan sekitar 22,5 km dari kota Ponorogo. Desa Ngendut memiliki luas 303,115 ha dengan batas-batas wilayah sebagai berikut :

-  sebelah utara         : Desa Karangpatihan – Desa Sumberjo

-  sebelah timur         : Desa Bulak Kecamatan Balong

-  sebelah selatan      : Desa Pandak – Desa Bulak Kecamatan Balong

-  sebelah barat         : Desa  Patok Pacitan

Peta Desa:

<iframe src="https://www.google.co.id/maps?f=q&source=s_q&hl=en&geocode=&q=Logandu,+Karanggayam&aq=0&oq=logandu&sll=-2.550221,118.015568&sspn=52.267573,80.332031&t=h&ie=UTF8&hq=&hnear=Logandu,+Karanggayam,+Kebumen,+Central+Java&z=14≪=-7.55854,109.634173&output=embed" width="600" height="450" frameborder="0" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no"></iframe>